Nasce come Società Cooperativa di Credito Anonima per Azioni nel 1871, per iniziativa di alcuni esponenti del mondo politico e imprenditoriale cittadino. Il primo sportello viene aperto nel 1872. 
Nel 1912 l'Istituto è uno dei principali del Piemonte e, nel primo Dopoguerra approda a Genova, Milano e Roma. Negli anni successivi sviluppa ulteriormente i servizi offerti e incrementa il proprio radicamento grazie a nuove filiali nelle grandi città e nel Centro Italia. 
Nel 1971 conta circa 300 sportelli e oltre 55.000 soci. Nell'ultimo quarto del secolo, l'Istituto si espande nel sud Italia e all'estero (Londra, Francia,Svizzera e Lussemburgo), acquisisce partecipazioni nei vari settori del credito, accentua il ruolo di banca universale e si quota alla Borsa Italiana. 
Alla fine del '900, ha più di 500 sportelli e 100.000 soci. In seguito viene attuato un ampio processo di riorganizzazione e razionalizzazione del Gruppo, che porta nel 2002 alla fusione con la Banca Popolare di Verona - Banco S.Geminiano e S.Prospero, per dare vita al Banco Popolare di Verona e Novara S.c.r.l. 
Oggi la Banca Popolare di Novara è una delle realtà portanti del Gruppo Banco Popolare.